[python] # 1. 3D nii file 열기, nibabel

안녕하세요!

3D nii file을 여는법을 소개하겠습니다.

[Python] 3D File (nii, nii.gz)

안녕하세요! 3D Processing을 설명하기에 앞서 우선 파일을 만들었습니다. Python에서 3D는 대부분 의료쪽이라 생각되는데요, 아무래도 공공데이터를 여기에 올리는건 아닌거 같아서 제가 만들어서

kimtaeuk0103.tistory.com

3d file이 없으신분은 위에 링크에서 받아주세요 ㅎㅎ

우선 nibabel 패키지를 다운받습니다.

pip install nibabel

nibabel로 nii, nii.gz 파일을 열수 있습니다.

여기서 잠깐!

nii, nii.gz 파일의 차이는 용량 차이에 있습니다.

nii 파일로 저장하면 파일이 엄청 큽니다.

대신 nii.gz 파일로 저장하면 파일 용량이 nii 파일에 비해 엄청 줍니다 ㅎㅎ nii.gz로 저장하는게 좀더 좋겠죠??

다음은 nii 파일을 여는 법입니다.

import nibabel as nib

nii = nib.load('C:/test.nii.gz').get_fdata() # get_fdata() 필요합니다!
print(nii.shape) # (256,256,256)

처음 3D를 다룰때 get_fdata() 를 빼먹을때가 많아서 '뭐가 틀렸지!?' 할때가 많았었는데 ㅎㅎ..

빼먹으면 저장할때

setting an array element with a sequence.

라는 오류가 뜹니다.

나중에 저장할때 설명드리겠습니다

감사합니다 :)

AI욱찡